"Less Pain, More Life"      
research
In Silico Oncology

The emergent field of In Silico Oncology can be defined as a complex and multiscale combination of sciences and technologies in order to simulate malignant tumour growth and tumour and normal tissue response to therapeutic modalities at all levels of biocomplexity. The aim is to better understand cancer and related phenomena and to optimize therapeutic interventions by performing in silico (on the computer) experiments based on the individual data (clinical, imaging, histopathologic, molecular) of the patient. The fundamental assumption lying behind this approach is that cancer apart from being a disease is a natural phenomenon and therefore should be amenable to some sort of mathematic and/or algorithmic description. Such a description must apparently take into account both the deterministic and the stochastic character of the disease.


Introduction

Understanding and effectively modeling the dynamics of cancer and treatment affected normal tissues at all biocomplexity levels by using any efficient combination of mathematical and computer modeling approaches (discrete, continuous, deterministic, stochastic, analytical, numerical etc.) is a fundamental research challenge in oncology. Obviously this target presupposes success in understanding and modeling numerous critical mechanisms involved in cancer and affected normal tissue development and treatment response, as well as the subsequent integration of all those modeling modules. As the demands of such an endeavour are especially high, a parallelism with the history of Newtonian physics might serve as a source of guidance and inspiration. It has been suggested that cancer epitomizes the entire biology. In this context a title like: "Philosophiae Naturalis Principia Mathematica: Pars II, Materia Vivens" (Mathematical Principles of Natural Philosophy: Part II, Living Matter) might to some extent describe the collaborative and heavily multidisciplinary efforts on a worldwide scale to apply the analytical way of thinking on the description of natural phenomena (mechanisms) involving living matter and especially on those related to cancer. Obviously stochasticity is one of the key players in such an approach. A thorough, quantitative, rigorously clinically validated and exploitable understanding of such multi-scale phenomena is expected to dramatically accelerate the achievement of cancer cure on a patient individualized basis through treatment optimization in silico (on the computer).


Reference

G. Stamatakos, "Spotlight on Cancer Informatics," Cancer Informatics No 2, pp.99-102, 2006. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2675506/

pdf


The development of the "Oncosimulator"

Within the framework of the European Commission funded ACGT project [Advancing Clinicogeneomic Trials on Cancer] a complex simulation system of tumour growth and tumour and treatment affected normal tissues response to therapeutic modalities is being developed.
More information can be found in ACGT ONCOSIMULATOR and ONCOSIMULATOR VALIDATION


Research Activities and Projects

For an outline of currently running representative research projects in which In Silico Oncology Group is involved please see the section PROJECTS.
For representative publications please see the section PUBLICATIONS.


ΜΕΤΑΠΤΥΧΙΑΚΟ ΜΑΘΗΜΑ 705

ΤΟ ΜΕΤΑΠΤΥΧΙΑΚΟ ΜΑΘΗΜΑ ΤΗΣ ΣΧΟΛΗΣ ΗΛΕΚΤΡΟΛΟΓΩΝ ΜΗΧΑΝΙΚΩΝ ΚΑΙ ΜΗΧΑΝΙΚΩΝ ΥΠΟΛΟΓΙΣΤΩΝ ΕΜΠ ME TIΤΛΟ: "(705) Πολυκλιμακωτή Προσομοίωση της Ασθένειας του Καρκίνου και In Silico Ιατρική " ΔΙΔΑΣΚΕΤΑΙ ΓΙΑ TETAΡΤΗ ΧΡΟΝΙΑ ΚΑΤΑ ΤΟ ΧΕΙΜΕΡΙΝΟ ΕΞΑΜΗΝΟ 2017-2018 (Αίθουσα 005, Νέο Κτίριο Ηλεκτρολόγων και ΜΥ, κάθε Παρασκευή κατά τις ώρες 2.00 μμ έως 5.00 μμ.) Περίληψη του μαθήματος υπάρχει στον Οδηγό Μεταπτυχιακών Σπουδών της ΣΗΜΜΥ. Σημειώνεται ότι το εν λόγω μάθημα είναι το πρώτο διεθνώς μεταπτυχιακό μάθημα αφιερωμένο στην αναδυόμενη επιστημονική και τεχνολογική περιοχή της In Silico Ιατρικής.
http://www.vph-institute.org/news/new-postgraduate-subject-on-multiscale-cancer-modelling-and-in-silico-medicine-mscm-ism.html

http://chic-vph.eu/highlights/details/article/first-postgraduate-course-on-in-silico-medicine/

 
ΕΝΑΡΞΗ ΜΑΘΗΜΑΤΟΣ

ΤΟ ΝΕΟ ΜΕΤΑΠΤΥΧΙΑΚΟ ΜΑΘΗΜΑ ΤΗΣ ΣΧΟΛΗΣ ΗΛΕΚΤΡΟΛΟΓΩΝ ΜΗΧΑΝΙΚΩΝ ΚΑΙ ΜΗΧΑΝΙΚΩΝ ΥΠΟΛΟΓΙΣΤΩΝ ΕΜΠ ME TIΤΛΟ: "(705) Πολυκλιμακωτή Προσομοίωση της Ασθένειας του Καρκίνου και In Silico Ιατρική " ΔΙΔΑΣΚΕΤΑΙ ΓΙΑ TΡΙΤΗ ΧΡΟΝΙΑ ΚΑΤΑ ΤΟ ΧΕΙΜΕΡΙΝΟ ΕΞΑΜΗΝΟ 2016-2017. Περίληψη του μαθήματος υπάρχει στον Οδηγό Μεταπτυχιακών Σπουδών της ΣΗΜΜΥ. Σημειώνεται ότι το εν λόγω μάθημα είναι το πρώτο διεθνώς μεταπτυχιακό μάθημα αφιερωμένο στην αναδυόμενη επιστημονική και τεχνολογική περιοχή της In Silico Ιατρικής.
http://www.vph-institute.org/news/new-postgraduate-subject-on-multiscale-cancer-modelling-and-in-silico-medicine-mscm-ism.html

http://chic-vph.eu/highlights/details/article/first-postgraduate-course-on-in-silico-medicine/

 
ΑΝΑΒΟΛΗ ΜΑΘΗΜΑΤΟΣ


ΑΝΑΒΟΛΗ ΤΟΥ ΜΕΤΑΠΤΥΧΙΑΚΟΥ ΜΑΘΗΜΑΤΟΣ ΤΗΣ ΣΗΜΜΥ ΜΕ ΤΙΤΛΟ (705)

"ΠΟΛΥΚΛΙΜΑΚΩΤΗ ΠΡΟΣΟΜΟΙΩΣΗ
ΤΗΣ ΑΣΘΕΝΕΙΑΣ ΤΟΥ ΚΑΡΚΙΝΟΥ
ΚΑΙ IN SILICO ΙΑΤΡΙΚΗ"
ΤΗΣ ΠΑΡΑΣΚΕΥΗΣ 23 ΟΚΤΩΒΡΙΟΥ 2015 ΑΝΑΒΑΛΛΕΤΑΙ ΛΟΓΩ ΑΝΕΛΑΣΤΙΚΗΣ ΑΠΟΥΣΙΑΣ ΤΟΥ ΔΙΔΑΣΚΟΝΤΑ ΣΤΟ ΕΞΩΤΕΡΙΚΟ. ΤΟ ΜΑΘΗΜΑ ΤΗΣ 30ης ΟΚΤ. ΘΑ ΓΙΝΕΙ ΚΑΝΟΝΙΚΑ

 


ΕΝΑΡΞΗ ΤΟΥ ΜΕΤΑΠΤΥΧΙΑΚΟΥ ΜΑΘΗΜΑΤΟΣ ΤΗΣ ΣΗΜΜΥ ΜΕ ΤΙΤΛΟ (705)

"ΠΟΛΥΚΛΙΜΑΚΩΤΗ ΠΡΟΣΟΜΟΙΩΣΗ
ΤΗΣ ΑΣΘΕΝΕΙΑΣ ΤΟΥ ΚΑΡΚΙΝΟΥ
ΚΑΙ IN SILICO ΙΑΤΡΙΚΗ"


Διδάσκων: Γ. Σταματάκος
Ημέρα:Παρασκευή 16 Οκτωβρίου 2015
(και κάθε Παρασκευή)
Ωρες: 13.45-17.00
Κτήριο: Nέo Κτίριο ΣΗΜΜΥ
Αιθουσα: 101, 1os όροφος
Επικοινωνία:gestam@central.ntua.gr

Περισσότερες πληροφορίες

Εισήγηση,Τεκμηρίωση, Διδακτικό Υλικό και Αναλυτική Περιγραφή του Νέου Μεταπτ. Μαθήματος της ΣΗΜΜΥ

New postgraduate subject on Multiscale Cancer Modelling and In Silico Medicine (MSCM & ISM)/VPH Institute

 
IEEE XPLORE PUBLICATION OF PROCEEDINGS


The Proceedings of the 6th International Advanced Research Workshop on In Silico Oncology and Cancer Investigation - The CHIC Project Workshop (6th IARWISOCI) have been published - following the standard IEEE review - in the IEEE Xplore Digital Library

http://ieeexplore.ieee.org/xpl/mostRecentIssue.jsp?punumber=7024236

Since except for the editorial, the abstracts and some additional front matter, downloading of any paper requires either a special subscription to IEEE or electronic payment, you might prefer to cite any paper through its IEEE Xplore publication and at the same time read and disseminate it for free via its open access publication

THE CHIC PROJECT WORKSHOP 2014 PROCEEDINGS OPEN ACCESS VERSION.pdf

which resides in the workshop website http://6th-iarwisoci.iccs.ntua.gr/. It is noted that a special agreement with IEEE has been signed regarding the parallel open access and IEEE Xplore publishing of the proceedings.

 
ΘΕΣΗ ΕΡΕΥΝΗΤΙΚΗΣ ΕΡΓΑΣΙΑΣ

Η ΘΕΣΗ ΕΡΓΑΣΙΑΣ ΕΧΕΙ ΚΑΛΥΦΘΕΙ

Η Ομάδα για την In Silico Ογκολογία και την In Silico Ιατρική (www.in-silico-oncology.iccs.ntua.gr) του Εργαστηρίου Μικροκυμάτων και Οπτικών Ινών, του Ερευνητικού Πανεπιστημιακού Ινστιτούτου Συστημάτων Επικοινωνιών και Υπολογιστών του Εθνικού Μετσοβίου Πολυτεχνείου (ΕΠΙΣΕΥ-ΕΜΠ), ενδιαφέρεται για την πλήρωση μίας θέσης ερευνητικής εργασίας, με σύμβαση έργου, στα πλαίσια της υλοποίησης ευρωπαϊκών και διεθνών ερευνητικών προγραμμάτων.

Η θέση εργασίας αφορά στην περιοχή της πολυεπίπεδης/πολυκλιμακωτής υπολογιστικής προσομοίωσης του καρκίνου και της in silico ογκολογίας. Οι υποψήφιοι μπορεί να είναι διπλωματούχοι ή διδάκτορες Ηλεκτρολόγοι Μηχανικοί και Μηχανικοί Υπολογιστών ή διπλωματούχοι/διδάκτορες άλλων Πολυτεχνικών Σχολών ή Σχολών Πληροφορικής με ειδίκευση στις Τεχνολογίες Λογισμικού.

Θα επιλεγούν υποψήφιοι χωρίς άλλες σπουδαστικές, επαγγελματικές ή ακαδημαϊκές υποχρεώσεις έτσι ώστε να μπορέσουν να αφοσιωθούν αποκλειστικά στις ερευνητικές δραστηριότητες της ομάδας. Το ύψος της αμοιβής θα προσδιοριστεί ανάλογα με την επιστημονική εξειδίκευση και την εμπειρία των υποψηφίων. Το ενδεχόμενο εκπόνησης διδακτορικής διατριβής για μη κατόχους διδακτορικού διπλώματος στα παραπάνω πλαίσια θα εξεταστεί κατά περίπτωση.

Οι υποψήφιοι θα πρέπει να ενδιαφέρονται για την εφαρμογή των τεχνολογιών λογισμικού στο χώρο της in silico (υπολογιστικής) Ιατρικής και Βιολογίας. Συγκεκριμένα, η θέση εργασίας αφορά στους εξής βασικούς άξονες:

* Ανάπτυξη υπολογιστικών συστημάτων αποθήκευσης και διαχείρισης ογκοπροσομοιωτικών μοντέλων και αντίστοιχων πολυκλιμακωτών ιατρικών/βιολογικών δεδομένων (σχεδιασμός και υλοποίηση σχετικών λογισμικών υποδομής και διεπιφανειών χρήστη).
* Σχεδιασμός, υλοποίηση και έλεγχος της αρχιτεκτονικής σύνθετων συστημάτων λογισμικού τα οποία θα προσλαμβάνουν, θα αποθηκεύουν και θα επεξεργάζονται ετερογενή και πολυδιάστατα βιοϊατρικά δεδομένα, θα εκτελούν σχετικούς υπολογιστικούς κώδικες σε συστήματα υψηλής υπολογιστικής απόδοσης (clusters, grid, cloud κλπ.) και θα οπτικοποιούν τα αποτελέσματα παρέχοντας εξόδους σε μορφές φιλικές προς το χρήστη.

Επιθυμητές γνώσεις/εμπειρία:

* Εκτεταμένες γνώσεις επιστήμης υπολογιστών.
* Θα εκτιμηθούν ιδιαίτερα ειδικές γνώσεις/εμπειρία σε: relational databases (e.g. MySQL, PostgressSQL), web application technologies (e.g. AJAX, Javascript, PHP, Python), NoSQL databases (MongoDB), virtualization and cloud computing, C++/Matlab/SBML/Java programming, Semantics and Ontologies (e.g. MarkUp Languages, RDF, OWL, Triple Stores, SPARQL).

Πρόσθετα Επιθυμητά χαρακτηριστικά:

* Αναλυτική και συνδυαστική ικανότητα.
* Ικανότητα συνεργασίας σε διεθνές και διεπιστημονικό περιβάλλον εργασίας.

Οι ενδιαφερόμενοι παρακαλούνται να αποστείλουν το συντομότερο δυνατό το βιογραφικό τους σημείωμα στις ηλεκτρονικές διευθύνσεις:

gestam@central.ntua.gr και dimdio@esd.ece.ntua.gr

Αθήνα, 8 Μαΐου 2014

Γ. Σταματάκος
Ερευνητής Α ΕΠΙΣΕΥ-ΕΜΠ
Διευθυντής Ερευνών

Download
------------------------------------------------------------

 
ΘΕΣΗ ΕΡΓΑΣΙΑΣ ΣΕ ΕΥΡΩΠΑЇΚΑ KAI ΔΙΕΘΝΗ ΕΡΕΥΝΗΤΙΚΑ ΠΡΟΓΡΑΜΜΑΤΑ

Η Ομάδα για την In Silico Ογκολογία (www.in-silico-oncology.iccs.ntua.gr) του Εργαστηρίου Μικροκυμάτων και Οπτικών Ινών, του Ερευνητικού Πανεπιστημιακού Ινστιτούτου Συστημάτων Επικοινωνιών και Υπολογιστών του Εθνικού Μετσοβίου Πολυτεχνείου (ΕΠΙΣΕΥ-ΕΜΠ), ενδιαφέρεται για την πλήρωση μίας θέσης ερευνητικής εργασίας, με σύμβαση έργου, στα πλαίσια της υλοποίησης ευρωπαϊκών και διεθνών ερευνητικών προγραμμάτων.

Περισσότερες πληροφορίες

 
CHIC project presented in The Parliament Magazine

A one page general public article on the CHIC project has been published in The Parliament Magazine 389, 28 April 2014, p. 36.

More

 
ΘΕΣΕΙΣ ΕΡΓΑΣΙΑΣ ΣΕ ΕΥΡΩΠΑЇΚΑ KAI ΔΙΕΘΝΗ ΕΡΕΥΝΗΤΙΚΑ ΠΡΟΓΡΑΜΜΑΤΑ

ΟΙ ΘΕΣΕΙΣ ΕΡΓΑΣΙΑΣ ΕΧΟΥΝ ΚΑΛΥΦΘΕΙ

ΘΕΣΕΙΣ ΕΡΓΑΣΙΑΣ ΣΕ ΕΥΡΩΠΑЇΚΑ KAI ΔΙΕΘΝΗ ΕΡΕΥΝΗΤΙΚΑ ΠΡΟΓΡΑΜΜΑΤΑ

Η Ομάδα για την In Silico Ογκολογία (www.in-silico-oncology.iccs.ntua.gr) του Εργαστηρίου Μικροκυμάτων και Οπτικών Ινών, του Ερευνητικού Πανεπιστημιακού Ινστιτούτο Συστημάτων Επικοινωνιών και Υπολογιστών του Εθνικού Μετσοβίου Πολυτεχνείου (ΕΠΙΣΕΥ-ΕΜΠ), ενδιαφέρεται για την πλήρωση τριών θέσεων ερευνητικής εργασίας, με σύμβαση έργου, στα πλαίσια της υλοποίησης ευρωπαϊκών και διεθνών ερευνητικών προγραμμάτων.

Περισσότερες πληροφορίες

 
5th IARWISOCI -TUMOR project workshop

The 5th International Advanced Research Workshop on In Silico Oncology and Cancer Investigation (5th IARWISOCI) - TUMOR project workshop will take place in Athens on October 22-23, 2012.
View Workshop Web Page

 
NEW BOOK

" Multiscale Cancer Modeling "

by T.Deisboeck (*) and G. Stamatakos (**) Eds,

CRC Press,2011

[ *Massachusetts General Hospital and Harvard Medical School ,
** Institute of Communication and Computer Systems, National Technical University of Athens]

In both printed and ebook format

More

 
In Silico medicine reaches the clinic

cordis.europa.eu

Forget the monopoly of in vitro, the study of biology in test tubes. The real cutting edge of medical science is in silico, and European researchers have just achieved a world first in the field.

ACGT's most innovative and advanced support tool is its oncosimulator, a piece of mathematical modelling, simulation and visualisation software and an in silico experimental platform.

The In Silico Oncology Group (http://www.in-silico-oncology.iccs.ntua.gr) is developing this platform in collaboration with several research centres in Europe and Japan.

Full article

 
First Summer School in Computational Oncology
Heraklion, Crete, Greece - June 13th-18th, 2011


The summer school is for both clinicians/medical students and engineers/basic scientists/engineering students who wish to learn the principles of computational oncology from pioneers in the field.
The scope of this summer school is to provide basic training on the new research dimension of computational oncology based on the experience of four European collaborative projects in this direction (ACGT, ContraCancrum, TUMOR and pmedicine).
For more information please visit the webpage:
www.computationaloncology.org

 
PROCEEDINGS OF THE 4th INTERNATIONAL ADVANCED RESEARCH WORKSHOP ON IN SILICO ONCOLOGY AND CANCER INVESTIGATION - THE CONTRA CANCRUM WORKSHOP

The Proceedings of the workshop can be downloaded from the workshop website www.4th-iarwisoci.iccs.ntua.gr

 
4th International Advanced Research Workshop on In Silico Oncology and Cancer Investigation

4th International Advanced Research Workshop on In Silico Oncology and Cancer Investigation (4th IARWISOCI).
8-9 September 2010
Athens, Greece.

View workshop webpage:
4th IARWISOCI

 
OFFICIAL REPORT ON THE FIRST TRANSATLANTIC WORKSHOP ON MULTISCALE CANCER MODELING, Brussels, Oct. 23-24, 2008

Report

 
1st Transatlantic Workshop on Multiscale Cancer Modelling


1st Transatlantic Workshop on Multiscale Cancer Modelling: an ICT BIO event coorganized by NCI and EC,
October 23-24, 2008
Brussels, Belgium

View the workshop webpage:
ICT BIO 2008

MEDICAL RESEARCH AT CROSSROADS

 
3rd International Advanced Research Workshop on In Silico Oncology


Third International Advanced Research Workshop on In Silico Oncology: Advances and Challenges (3rd IARWISO)
September 23-24, 2008 Istanbul, Turkey.

View workshop webpage:
3rd IARWISO